腸旋轉(zhuǎn)不良的總體預(yù)后良好，手術(shù)相關(guān)死亡率在3%到9%，在中腸扭轉(zhuǎn)，小腸壞死，早產(chǎn)兒和合并其他畸形的患兒中死亡率增加，改善預(yù)后的關(guān)鍵因素包括，將患兒置于重癥監(jiān)護室治療，進行周圍和中心靜脈營養(yǎng)支持。
早期診斷，對腸扭轉(zhuǎn)的高度警惕，緊急處理技術(shù)的提高，均明顯改善，腸旋轉(zhuǎn)不良的預(yù)后。
長期預(yù)后的隨訪對于切除壞死腸管后營養(yǎng)吸收障礙，以殘存腸管的長度和功能而定，有時遺留間歇性腹痛頑固的消化吸收障礙貧血，血漿蛋白質(zhì)偏低，術(shù)后胃腸道功能紊亂是常見現(xiàn)象，
第二是再次扭轉(zhuǎn)發(fā)生率低，腸扭轉(zhuǎn)復(fù)發(fā)，在開放性手術(shù)小于0.5%，但在腹腔鏡手術(shù)中可高達19%，腸系膜根部分離不夠，系膜展平后寬度不夠，術(shù)后腸管間黏連少是增加腸扭轉(zhuǎn)復(fù)發(fā)率的高危因素，黏連性腸梗阻在開放性手術(shù)多間見，50%的黏連性腸梗阻需要再住院，25%需要再手術(shù)。理論上黏連性腸梗阻的發(fā)生率在腹腔鏡手術(shù)中較低，新生兒腹腔容量少，腹腔鏡手術(shù)具有一定困難，評估腹腔鏡治療腸旋轉(zhuǎn)不良的合理性與效果還需長期研究。
