因為腸結(jié)核和克羅恩病兩種疾病的臨床表現(xiàn)以及內(nèi)鏡表現(xiàn)非常相似，有時兩種疾病的區(qū)分比較困難，但是這兩種疾病的治療方案和預(yù)后截然不同，因此必須將兩種疾病仔細區(qū)分。我們可以從以下九個方面來進行區(qū)分：
第一、腸結(jié)核的腸外結(jié)核表現(xiàn)比較多見，而克羅恩病一般沒有腸外結(jié)核的表現(xiàn)。
第二、病程方面：腸結(jié)核緩解與復(fù)發(fā)傾向不明顯，克羅恩病緩解與復(fù)發(fā)傾向比較明顯。
第三、腸結(jié)核的瘺管、腹腔膿腫、肛周病變少見，而克羅恩病可見。
第四、腸結(jié)核常沒有病變節(jié)段性分布，而克羅恩病已有病變成節(jié)段性分布。
第五、腸結(jié)核的潰瘍，常呈橫行淺表而不規(guī)則狀，而克羅恩病的潰瘍多成縱型裂隙狀。
第六、腸結(jié)核的活檢抗酸桿菌染色陽性可以有助于診斷，可見到干酪性肉芽腫可以確診腸結(jié)核，而克羅恩病的抗酸桿菌染色呈陰性，沒有發(fā)現(xiàn)干酪性肉芽腫。
第七、腸結(jié)核結(jié)核菌素實驗陽性，可以確診腸結(jié)核，克羅恩病一般不呈強陽性。
第八、進行抗結(jié)核治療之后腸結(jié)核的癥狀明顯改善、內(nèi)鏡下面也可以看到有明顯改善或好轉(zhuǎn)，克羅恩病經(jīng)抗結(jié)核治療癥狀多沒有明顯改善、內(nèi)鏡所見也無改善。
第九、腸結(jié)核手術(shù)切除病變腸段及腸系膜淋巴結(jié)進行病理組織學(xué)檢查可以發(fā)現(xiàn)干酪性肉芽腫因而可以確診，克羅恩病不會發(fā)現(xiàn)干酪性肉芽腫，則可以排除腸結(jié)核的診斷。
